Biserica are două faze distincte: una istorică, ținând de primele secole ale existenței sale, respectiv una modernă, legată de reamplasarea și reamenajările acesteia. Îndeobște se consideră că biserica a fost construită în anul 1769, în satul Brăzești, ce în prezent aparține orașului Baia de Arieș.

Lăcașul de cult a fost strămutat pe amplasamentul actual, din cartierul Cetate, în 1991. Contribuția principală la mutarea Bisericii la Alba Iulia a avut-o Zamfira Constantinescu, stareța Mănăstirii Prislop. Pictura a fost realizată de sora Viorica Crețu de la aceeași mănăstire, ucenică a faimosului Arsenie Boca, cel supranumit „Sfântul Ardealului”.

Prima slujbă a avut loc chiar de Paști, în anul 1992. Sfințirea noului lăcaș a avut loc, însă, un an mai târziu, când biserica a primit și hramul de „Sfântul Cuvios Antonie cel Mare”. O nouă sfințire a avut loc în anul 2000.

Biserica de lemn este unul dintre cele mai frecventate lăcașuri de cult ortodoxe din Alba Iulia.