Franciscanii transilvăneni, unul din grupurile ordinului călugăresc catolic cu acelaș nume, au ajuns la Alba Iulia pe la 1691 și s-au instalat în așa numitul „Oraș de Jos“. Perioada s-a suprapus cu preluarea Transilvaniei de către habsburgi, când are loc și restaurarea catolicismului în regiune. În 1725, franciscanii au primit o zonă mlăștinoasă din așa-numitele cartiere Heiuș și Orașul German, astăzi cartierul Maieri, pentru a-și ridica o casă de rugăciuni.

Lucrările de construcție a Bisericii au început în 1752 și s-au încheiat pe la 1770. Lăcașul de cult a fost restaurat în mai multe rânduri. A fost afectat de revărsările repetate ale râului Mureș, dar și de un incendiu. Ultimul apare menționat chiar pe frontispiciul bisericii. Inscripția în limba latină amintește de lucrările din 1843, la inițiativa episcopului Nicolae Kovács, atunci când edificiul a fost „restaurat din cenușă”. La puțină vreme, în timpul Revoluției din 1849 și asediului asupra Cetății, lăcașul a suferit din nou distrugeri.

Un element inedit al acestei Biserici este dat de dimensiunea supraînălțată a pronaosului, naosului și altarului, în contrast cu proporțiile reduse ale turnului clopotniță.

Lăcașul de cult a dobândit statutul de Biserică parohială abia spre sfârșitul secolului al XIX-lea, odată cu înmulțirea credincioșilor catolici din Orașul de Jos.

Biserica poartă, din 1913, hramul „Preasfânta Inimă a lui Isus”, iar uneori apare și cu denumirea veche de „Sfântul Sebastian”.